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WGCNA分析--提升转录组测序文章档次的利器

1、取样时期为每个样品7个时期S1-S7，分别为授粉后5， 9， 12， 19， 25， 30和40天（DAP），还测了一下叶片的转录组，并取3个生物学重复，共48个样品。

2、利用转录组测序所有基因以及所有样品的表达矩阵做样品间的相关性分析和PCA聚类分析，从中可以发现，相同的发育状态或者组织聚类在一起，说明他们之间具有较强的相关性。

3、下面我们先看下这篇文章具体内容： 实验简介： 文章研究的是小麦幼苗在麦二叉蚜采食后的快速防卫反应，分别于采食1248 h后取幼苗叶片（3次生物学重复），进行转录组测序、叶绿素测定以及H2O2 积累测定以及NADPH抑制剂处理进一步探究小麦在咬食后氧迸发防御机制。

4、① 转录组数据基因输入参数 选取变异系数CV值大于1的基因作为输入数据进行分析 ② 计算软阈值参数 设定的软阈值soft power为16，TOM结构类型为signed，也是推荐的结构类型。

成都中医药大学药学院的科学研究

成都中医药大学药学院在近五年内取得了显著的科研成果，积极参与和承担了一系列国家级和部省级的重要科研项目。其中包括：国家自然基金重点项目：研究乌头类有毒中药的安全性，以及一项涉及理中汤、四物汤等配方颗粒的质量标准化研究。

成都中医药大学药学院作为我国高等医药院校中药类院（系）的佼佼者，拥有深厚的历史底蕴和全面的教育层次。其办学历史始于1959年，是全国最早设立中药学本科专业的学院，为我国培养了第一批中药专业本科毕业生，见证了我国中药教育的起步和发展。

曾南，女，汉族，1969年4月8日出生于四川成都，中共党员，拥有博士学位。目前，她担任成都中医药大学药学院药理教研室主任和教授，对中医药事业充满热情。自1993年毕业于成都中医药大学并留校以来，曾南一直坚守在教学和科研的第一线。

成都中医药大学药学院专业培养 本科生培养 - 中药学（国家理科基地班） - 学制：四年 - 层次：本科 该专业注重基础与专业拓展，强调科研意识和创新能力，致力于培养具有扎实学科基础，创新精神，宽广知识面和高综合素质的高级专门人才。

其实药学院所有专业硕士阶段学的东西都差不多，无非都是做化学药理实验，只能说就每年就收分情况来看，一般高分报考药剂生药的较多。就业也应该药剂最好。中药和药理2个专业可能最接近临床。想当医生就请别选药学院的专业，现在医、药分家的比较严重，药学院针对的是药物的研究，而医学院才针对病人。

非负矩阵分解(NMF)应用于scRNAseq的细胞分群

1、非负矩阵分解（Non-negative Matrix Factorization，简称NMF）是一种矩阵分解技术，用于将数据矩阵分解为两个或多个较小矩阵的乘积，这些较小矩阵的元素都是非负的。NMF特别适用于数据挖掘和特征提取，因为它能够保留数据的结构和解释性。

2、MLE 用于使用 scRNA-seq 参考数据估计细胞类型特定参数，MAP 用于推断 ST 数据中的细胞类型混合。SPOTlight 是一种反卷积算法， 它采用非负矩阵分解 （NMF） 回归算法以及非负最小二乘法 （NNLS） 。

3、单细胞转录组CNV分析识别恶性和非恶性的细胞类型。More importantly， segmental chromosome 17q gain， 11q loss， and 1p loss were mostly observed in NE cells。NE cells represented malignant cells in each tumor。